Um sub-domínio funciona como um sub-site dentro do site principal, e os arquivos que compõem este sub-site vão ficar dentro de um diretório/pasta com o mesmo nome do sub-domínio.
Exemplo: o seu site é www.meusite.com, e criou um sub-domínio chamado "empresa". Portanto uma pasta/diretório será criada dentro do seu site com o mesmo nome do sub-domínio ("empresa" em /public_html/empresa), e a URL de acesso será http://empresa.meusite.com
Opcionalmente pode criar um usuário de FTP com o mesmo nome do sub-domínio, e este usuário de FTP terá acesso somente aos arquivos do sub-domínio, e não a todo o site.
Após criar o subdomínio é necessário aguardar alguns instantes até que consiga utilizá-lo via internet.